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1．熒光顯微鏡（fluorescencemicroscope）是用來觀察標(biāo)本中的自發(fā)熒光物質(zhì)或以熒光素染色或標(biāo)記的細(xì)胞和結(jié)構(gòu)。熒光顯微鏡是以高壓汞燈產(chǎn)生的短波紫外線為光源，并配有激發(fā)、阻斷、吸熱和吸收紫外線等濾片系統(tǒng)，標(biāo)本中的熒光物質(zhì)在紫外線激發(fā)下產(chǎn)生各種顏色的熒光，借以研究該熒光物質(zhì)在細(xì)胞和組織內(nèi)的分布。組織中的自發(fā)性熒光物質(zhì)如神經(jīng)細(xì)胞和心肌細(xì)胞等內(nèi)的脂褐素呈棕黃色熒光，肝貯脂細(xì)胞和視網(wǎng)膜色素上皮細(xì)胞內(nèi)的維生素A呈綠色熒光，某些神經(jīng)內(nèi)分泌細(xì)胞和神經(jīng)纖維內(nèi)的單胺類物質(zhì)（兒茶酚胺、5－羥色胺、組胺等）在甲醛作用下呈不同顏色的熒光，組織內(nèi)含有的奎寧、四環(huán)素等藥物也呈現(xiàn)一定的熒光。細(xì)胞內(nèi)的某些成分可與熒光素結(jié)合而顯熒光，如溴化乙錠與吖啶橙可與DNA綜合，進(jìn)行細(xì)胞內(nèi)DNA含量測定。熒光顯微鏡更廣泛用于免疫細(xì)胞化學(xué)研究，即以異硫氰酸或羅丹明等熒光素標(biāo)記抗體（一抗或二抗），用該標(biāo)記抗體直接或間接地與細(xì)胞內(nèi)的相應(yīng)抗原結(jié)合，以檢測該抗原的存在與分布。
2．相差顯微鏡（phasecontrastmicroscope）是用于觀察組織培養(yǎng)中活細(xì)胞形態(tài)結(jié)構(gòu)的。活細(xì)胞無色透明，一般光鏡下不易分辨細(xì)胞輪廓及其結(jié)構(gòu)。相差顯微鏡的特點(diǎn)是將活細(xì)胞不同厚度及細(xì)胞內(nèi)各種結(jié)構(gòu)對光產(chǎn)生的不同折射作用，轉(zhuǎn)換為光密度差異（明暗差），使鏡下結(jié)構(gòu)反差明顯，影像清楚。組織培養(yǎng)研究常用的是倒置相差顯微鏡（invertedphasecontrastmicroscope），它的光源和聚光器在載物臺的上方，物鏡在載物臺的下方，便于觀察貼附在培養(yǎng)器皿底壁上的活細(xì)胞。
3．暗視野顯微鏡（dark-fieldmicroscope）主要用于觀察因反差或分辨力不足的微小顆粒。此種顯微鏡主要是有一個(gè)暗視野集光器，使光線不直接進(jìn)入物境，故呈暗視野。而標(biāo)本內(nèi)的小顆粒產(chǎn)生的衍射光或散射光進(jìn)入物鏡，暗視野中的顆粒呈明亮小點(diǎn)，如同在暗室可見一束光線中的微小塵粒一般。普通通光鏡最大分辨率為0.2μm，暗視野顯微鏡則可分辨0.004～0.2μm的微粒，適用于觀察細(xì)胞內(nèi)線粒體運(yùn)動及標(biāo)本中細(xì)菌等微粒的運(yùn)動等。
4．共集激光掃描顯微鏡（confocallaserscanningmicroscope,CLSM）是近10年研制成的高光敏度、高分辨率的新型儀器。它以激光為光源，光束經(jīng)聚焦后落在樣品（組織厚片或細(xì)胞）不同深度的微小一點(diǎn)，并作移動掃描，通過電信號彩色顯像，經(jīng)過微機(jī)圖像分析系統(tǒng)進(jìn)行二維和三維分析處理。CLSM可對細(xì)胞進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)圖像分析，細(xì)胞內(nèi)各種熒光標(biāo)記物的微量分析，細(xì)胞內(nèi)Ca2+、pH值等的動態(tài)分析測定，細(xì)胞的受體移動、膜電位變化、酶活性和物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)的測定，并以激光對細(xì)胞及其染色體進(jìn)行切割、分離、篩選和克隆。因此，CLSM是一種高技術(shù)產(chǎn)品，可對細(xì)胞的多種功能進(jìn)行全自動、高效、快速的微量定性和定量測定。
其他如偏光顯微鏡用于研究組織晶體物質(zhì)及纖維等的光學(xué)性質(zhì)，紫外光顯微鏡用于研究細(xì)胞內(nèi)核酸的分布與定量等。
