1、合理分隔實驗室：將樣品的處理、配制PCR反應液、PCR循環擴增及PCR產物的鑒定等步驟分區或分室進行，特別注意樣本處理及產物的鑒定等步驟分區或分室進行，及PCR產物的鑒定應與其它步驟嚴格分開。
最好能劃分①標本處理區；②PCR反應液制備區；③PCR循環擴增區；④PCR產物鑒定區。其實驗用品及吸樣槍應專用，實驗前應將實驗室用紫外線消毒以破壞殘留的DNA或RNA。
2、吸樣槍：吸樣槍污染是一個值得注意的問題。由于操作時不慎將樣品或模板核酸吸入槍內或粘上槍頭是一個嚴重的污染源，因而加樣或吸取模板核酸時要十分小心，吸樣要慢，吸樣時盡量一次性完成，忌多次抽吸，以免交叉污染或產生氣溶膠污染。
3、預混和分裝PCR試劑：所有的PCR試劑都應小量分裝，如有可能，PCR反應液應預先配制好，然后小量分裝，-20℃保存。以減少重復加樣次數，避免污染機會。另外，PCR試劑，PCR反應液應與樣品及PCR產物分開保存，不應放于同一冰盒或同一冰箱。
4、防止操作人員污染，使用一次性手套、吸頭、小離心管應一次性使用。5、設立適當的陽性對照和陰性對照，陽性對照以能出現擴增條帶的最低量的標準病原體核酸為宜，并注意交叉污染的可能性，每次反應都應有一管不加模板的試劑對照及相應不含有被擴增核酸的樣品作陰性對照。6、減少PCR循環次數，只要PCR產物達到檢測水平就適可而止。7、選擇質量好的Eppendorf管，以避免樣本外溢及外來核酸的進入，打開離心管前應先離心，將管壁及管蓋上的液體甩至管底部。開管動作要輕，以防管內液體濺出。
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