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比色皿必須保持清潔和無傷痕，玻璃和石英比色皿通常可用冷酸或酒精、乙醚、丙酮、正己烷等有機溶劑清洗。
比色皿清洗液：濃鹽酸：甲醇：水＝1：4：3
如果比色皿被有機物污染，宜用鹽酸—乙醇(1：2)混合液浸洗，也可用相應的有機溶劑如醇醚混合物浸泡洗滌。如：油脂污染可用石油醚浸洗，鉻天青顯色劑污染可用硝酸(1：2)浸洗等。比色皿不可用堿液洗滌，也不能用硬布、毛刷刷洗。
鉻酸洗液效果不錯，但浸泡時間不宜過長，否則會腐蝕掉比色皿的粘接劑使其散架。另外因為它會在比色皿壁上吸附而出現一層鉻化物的薄膜，這種薄膜很難去除，鉻酸清洗后的比色皿在紫外區間基本不透光，導致不能使用。
稀釋的酸浸泡，效果不錯，但酸濃度不能太高。
也可用冷的或溫熱的（40~50℃）陰離子表面活性劑的碳酸鈉溶液（2%）浸泡，可加熱10分鐘左右。對于有色物質的污染可用HCL（3mol/L）-乙醇（1+1）溶液洗滌。
有色物質污染的比色皿用鹽酸:乙醇（1:2）浸泡一段時間,顏色就去掉了。
分光光度法中比色皿潔凈與否是影響測定準確度的因素之一。因此，必須重視選擇正確的洗凈方法。
可參考的經驗是：要是你測定溶液是酸，如果不干凈，就用弱堿溶液洗，要是你測定溶液是堿，如果不干凈，就用弱酸溶液洗，要是你測定溶液是有機物質，如果不干凈，就用有機溶劑，比如酒精等溶液洗。
應按照測定的各種試劑，采用溶解中和的方法進行清洗，原則上是: 一不能損壞比色皿的結構和透光性能; 二能夠采用中和溶解的方法來達到比色皿干凈如初的效果。而分光光度計中比色皿潔凈與否，則是影響測定準確度的因素之一。
比色皿按下面步驟進行清洗:
1.比色皿用完后應當先用適當溶劑沖洗,注意里外都要洗到.如果溶劑無毒的話,可以裝入一半溶劑后,用手指按住比色皿的兩端,用力搖晃,次數應當是不少于三次。 2.然后用大量的自來水沖洗,這一步對水溶液和鹽溶液非常重要。當然如果所用溶劑不親水這步可以放棄。 3.最后再用去離子水清洗,注意里外都要洗到。如果溶劑不親水的這一步也可放棄。
4.洗完后不要刻意的將比色皿擦干,虛放在比色皿盒內,不用蓋上讓其自然揮干。
注：
清洗最好在用后立即進行,否則樣品干后就更難處理；
洗好的比色皿應當是透明,沒有水跡的；
經常使用的比色皿可以在洗凈后浸泡在純水或分析純乙醇里中保存。
當測定溶液是無機鹽溶液，石英比色皿的一般清潔方法如下。
(1) 用乙醚和無水乙醇的混合液(各50%)清洗。
(2) 若太臟可用專用洗液清洗。但時間要短(10分鐘之內) ，再用清水清洗干凈。注意選擇比色皿洗滌液的原則是去污效果好，不損壞比色皿，同時又不影響測定。
(3) 不能用洗潔精之類的清潔劑。以免影響測量。
(4) 比色皿不可用堿液洗滌，也不能用硬布、毛刷刷洗。
而當遇到測定各種酸、堿、有機溶液時，如若測定溶液是酸，如果不干凈，可用弱堿溶液洗，若是測定溶液是堿，如果不干凈，可用弱酸溶液洗，要是測定溶液是有機物質，如果不干凈，可用有機溶劑，比如無水乙醇等溶液洗。
值得注意的是，分析實驗常用的鉻酸洗液( 洗液) 不宜用于比色皿洗滌，這是因為帶水的比色皿在該洗液中可能會產生熱量，致使比色皿膠接面裂開而損壞。同時經洗液洗滌后的比色皿還可能殘存微量鉻(鉻在紫外區有吸收) ，因此會影響實驗的測定。一般主張使用硝酸和過氧化氫( 5 :1) 的混合溶液泡洗，然后用清水沖洗干凈。
最后，對一般方法難以洗凈的比色皿，還可以采取以下兩種方法。
(1) 先將比色皿浸入含有少量陰離子表面活性劑的碳酸鈉( 20 克/升) 溶液泡洗，經水沖洗后，于過氧化氫和硝酸( 5 :1) 混合溶液中再浸泡半小時。 (2) 在通風櫥中用鹽酸、水和甲醇( 1 :3 :4) 混合溶液泡洗，一般不超過10分鐘。 
