當聚酰亞胺涂層有脆弱點時，熔融石英色譜柱就容易在此處折斷。聚酰亞胺涂層對易斷而具有彈性的熔融石英管起保護作用。在柱溫箱中持續的加熱或冷卻，柱溫箱風扇的振動，以及纏繞在圓形柱架上都會給柱管施加應力。最終導致其在薄弱的位點斷裂。薄弱的位點就是聚酰亞胺涂層被劃掉或磨損的地方。這一般是鋒利的尖端或邊緣劃過柱管時造成的。色譜柱的掛鉤和標簽、氣相色譜柱溫箱中的金屬邊緣、色譜柱切割器和實驗臺上的各種物品就是這些鋒利的尖端或邊緣的常見來源。

色譜柱很少發生自然斷裂。色譜柱制造商會盡力找出所有有缺陷的柱管，并避免用在最終的色譜柱產品中。較大內徑的色譜柱更容易發生斷裂。這意味著，與內徑0.18-0.32mm的柱管相比，對內徑0.45-0.53mm的柱管要更加小心和預防斷裂問題。

斷裂的色譜柱并不總是不能使用的。斷裂的色譜柱如果保持在高溫或者經過多次運行程序升溫，就很可能已受到損壞。斷裂色譜柱的后半部分在高溫下暴露于氧氣中會很快損壞固定相。而色譜柱的前半部分因有載氣不斷通過仍會保持完好。如果斷裂的色譜柱沒有被加熱，或者只在很短的時間內暴露于高溫或氧氣，那么，后半部分色譜柱將不會發生嚴重的損壞，可以通過安裝接頭來修復斷裂的色譜柱。任何合適的接頭都能夠用于連接色譜柱。接頭安裝不合適會造成死體積(峰拖尾)的問題。

2、熱損壞

超過色譜柱使用溫度上限操作會加速固定相和柱管內表面的損壞。這會造成色譜柱過度流失，活性化合物的峰拖尾和/或柱效(分離度)降低。幸好，熱損壞是一個緩慢的過程，在使用溫度上限以上操作較長的時間才能發生明顯的損壞。有氧氣存在的情況下會大大加速損壞的過程。有發生泄漏或者載氣中有高濃度氧氣存在的情況下，色譜柱的過熱會導致色譜柱快速而永久性的損壞。將氣相色譜的柱溫箱溫度最大值設定為色譜柱的使用溫度上限或者稍高于該溫度上限是防止色譜柱熱損壞的最好方法。這可以避免色譜柱意外的過熱。即使色譜柱發生了熱損壞，它可能仍然能用。從檢測器端拆下色譜柱。在色譜柱使用溫度上限恒溫加熱8-16h。從色譜柱的檢測器一端截去 10-15cm。重新安裝色譜柱并按正常情況進行老化。色譜柱通常不能完全恢復原來的性能:但仍可以使用。熱損壞之后色譜柱的壽命將縮短。

3、氧損壞

對于大多數毛細管氣相色譜柱，氧氣是一種有害物。雖然在室溫或者接近室溫的條件下，色譜柱不受損害，但是，隨著色譜柱溫度升高，色譜柱將會發生嚴重的損壞。一般來說，對于極性固定相.可造成色譜柱嚴重損害的溫度和氧氣濃度都較低。持續與氧氣接觸是會發生問題。短暫與氧氣接觸如一次空氣進樣或者快速松開隔墊螺母是不會有什么問題的。載氣流路的泄漏(比如氣體管線、接頭、進樣口)才是氧氣暴露的源頭。隨著色譜柱加熱，固定相會發生很快的降解。這會導致色譜柱過早地損壞，造成過多的柱流失、活性化合物的峰拖尾和/或柱效(分離度)損失。這些現象與色譜柱熱損壞相同。不幸的是，當發現色譜損害時，色譜柱已經受到了嚴重的損壞。在不太嚴重的情況下，色譜柱仍可以使用，但柱性能有所降低。在較嚴重的情況下，色譜柱將完全不能使用。

保持系統無氧和無泄漏是防止氧氣對色譜柱產生損害的最佳措施。良好的氣相色譜系統維護包括對氣體管線和壓力表定期檢漏、定期更換隔墊、使用高質量的載氣、安裝和更換氧氣捕集阱，以及在載氣完全用完之前就更換鋼瓶。

4、化學損壞

相當少的幾種化合物能夠損害固定相。色譜柱中引入非揮發性化合物(如鹽)通常會使柱效下降但不會損害固定相。這些殘留物常常可以通過用溶劑沖洗色譜柱來除去并恢復色譜柱的性能。應避免進入色譜柱的主要化合物是無機或礦物堿和礦物酸。酸包括鹽酸、硫酸、硝酸、磷酸和鉻酸。堿包括氫氧化鉀、氫氧化鈉和氫氧化銨。這些酸堿的大多數揮發性不高，容易于色譜柱前端聚集。如果不清除它們，這些酸堿會損壞固定相。這會導致色譜柱過早損壞，造成過多的柱流失、活性化合物的峰拖尾和/或柱效(分離度)降低。征兆與熱損壞和氧氣損壞很類似。鹽酸和氧化銨是這些酸堿中對固定相損害最小的。這兩種損壞常常隨著樣品中存在的水而出現。如果色譜柱對水沒有或很少有保留，HCl和NH₄OH在色譜柱中的滯留時間就會很短。這可以消除或最大程度地減少這些化合物對色譜柱的損壞。因此，如果樣品中存在HCl或NH₄OH，通過使用對水不保留的條件或色譜柱就可減少這些化合物對色譜柱的損壞。

已經報道的能夠損壞固定相的有機化合物只有全氟酸。這類化合物包含三氟乙酸、五氟丙酸和七氟丁酸。它們對固定相的損害在較高的濃度(比如，1%或更高)時才會發生。大多數問題出現在不分流或大口徑色譜柱直接進樣的過程中，其中大量的樣品會沉積在色譜柱的前端。由于化學損害通常局限于色譜柱前端，所以從色譜柱端口開始修剪或切割掉0.5-1m，這常常會消除所有色譜問題。在更嚴重的情況下，可能需要截去5m或者更長的色譜柱。使用預柱或者保留間隙管將最大程度減小色譜柱損害;當然，經常修整預柱仍是必要的。酸堿成分經常會損害脫活的融石英柱表面，這會引起活性化合物的峰形問題。

5、色譜柱被污染

色譜柱污染是毛細管氣相色譜分析中最常見的問題之一。不幸的是，它和各種常見的問題相似，因此常常被誤診為其它故障。被污染的色譜柱一般沒有損壞，但卻不能再使用。

有兩類基本的污染物:非揮發物和半揮發物。非揮發污染物或殘留不會被洗脫并積聚在色譜柱中這些殘留覆蓋在色譜柱內表面，從而干擾溶質在進出固定相時的分配。并且，這些殘留也會與活性溶質相互作用，導致峰組分吸附問題(造成峰拖尾和峰響應值下降)。活性溶質是指那些包含一個羥基(-0H)或氨基(-NH)基團，以及一些含巰基(-SH)和醛基的化合物。半揮發性污染物或殘留物于色譜柱中積聚，但最終會流出。它們完全離開色譜柱可能需要數小時到幾天。就像非揮發性殘留物一樣，它們會造成峰形及其響應強度的問題，并且，還經常會導致基線問題(不穩定、波動、漂移和鬼峰等)。

污染有許多來源，所分析的樣品是最常見的來源。提取樣品是最容易帶來污染的。生物液體和組織、土壤、廢水和地下水，以及類似基質的樣品，都含有了大量的半揮發和不揮發成分。即使進行了仔細和全面的提取過程，樣品中還是會存在少量的這些物質。經過多次到上百次進樣后累積的殘留才會引起問題。進樣技術如柱上進樣、不分流進樣和大口徑色譜柱大體積直接進樣，這些更常會導致色譜柱污染。污染物偶爾也來自氣體管線和捕集阱中的材料，密封墊和隔墊的顆粒物，或者與樣品接觸的任何部件(樣品瓶、溶劑、進樣針、滴管，等等)。如果突然出現污染問題，但在前幾個月或前幾年類似的樣品均未導致出現任何問題，則說明問題來自于這些種類的污染物。

污染物偶爾也來自氣體管線和捕集阱中的材料、密封墊和隔墊的顆粒物，或者與樣品接觸的任何部件(樣品瓶、溶劑、進樣針、滴管等)。如果突然出現污染問題，但在前幾個月或前幾年類似的樣品均未導致出現任何問題，則說明問題來自于這些種類的污染物，最大程度地減少半揮發性和非揮發性樣品殘留是減少污染問題的最好方法。遺憾的是，是否存在污染和是什么污染常常是未知的。嚴格和徹底的樣品凈化是防止污染問題最好的措施。使用保護柱或者保留間隙管通常會降低污染的嚴重性或延遲柱污染導致問題的發生。如果一根色譜柱被污染了最好使用溶劑沖洗色譜柱以去除污染。

建議不要使用長時間加熱(通常稱為烘烤色譜柱)的方法來處理受到污染的色譜柱。因為烘烤色譜柱可能會使一些污染殘留物轉化為不溶性物質，從而不能被溶劑沖洗出色譜柱。如果出現這種情況，通常色譜柱就無法再修復了。有時可將色譜柱切切割為兩段，后半段也許還可以使用。在色譜柱的恒溫上限烘烤色譜柱，時間應限制在1-2h。