首先，問題建立在錯誤的假設上。如果流動相沒了，泵的確會吸進去一些空氣，但是并不會持續的讓空氣流經整個系統。這是因為HPLC的泵是設計成專門用來吸取液體的，空氣一旦進入，泵就會失去灌注（lose prime）并停止工作。當然，在泵完全停止之前，一些氣泡可能會進入柱子，但是這種情況不會一直持續下去。就算由于某種因素，柱子里面泵入了大量的空氣，損壞柱子可能性也不是很大。

那么如果真的遇上這種情況，該如何處理呢？

當然是要把空氣從所有通道里排出來。不過在這之前最好把柱子取下來。首先換上新的徹底脫氣后的流動相，然后打開排氣閥進行正常灌注 （prime the pump），對于有些型號的儀器，可能需要用注射器進行手動灌注。接下來要設定一個較高的流速（比如10 mL/min）并運行幾分鐘來徹底清除泵里面以及管道里面殘留的空氣。這一步完成之后將流速調至1mL/min 并關閉排氣閥，運行直到徹底沒有氣泡排出。然后將流動相換成100%的甲醇或者乙腈并沖洗一會兒，這兩種有機溶劑的粘度相對較低有助于清除系統管道和柱子中的空氣。

第二步就是如何排出柱子中的空氣。將柱子進口端連上，保留出口端不要接檢測器，可以接上一段管道并用燒杯或者廢液瓶收集排出來的流動相。啟動泵并逐步增大流速直到柱壓達到3000-4000 psi （高壓能夠將氣泡壓縮回溶液并排出柱子），持續運行10分鐘左右直到沒有氣泡從柱子的尾端排出。檢測器中可能也會有殘留的氣泡，但是很容易通過沖洗清除。

以上只是反相色譜柱排氣的程序。對于其他類型的色譜柱，溶劑要相應的更換成兼容的。如果柱子不是硅基的，要特別注意柱子的最大允許柱壓。對于由于長期儲存而變干燥的色譜柱，也可以使用相同的方法使其恢復良好狀態。

不過，雖然空氣不會對色譜柱造成實質性的傷害，但是泵在沒有流動相的狀態下長時間運行可能會損壞密封墊。因為流動相還充當了活塞和密封墊之間的潤滑劑，沒有了流動相的潤滑作用，密封墊就很容易磨損。所以一旦流動相用盡空氣進入泵，除了排出空氣，還要特別注意檢漏。如果沒有觀察到明顯的泄露，要注意觀察泵在正常運行下的柱壓是否正常和穩定，如果柱壓沒有問題，就說明泵是正常的。如果觀察到柱壓偏低或者波動，說明密封墊可能磨損，需要更換密封墊。