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當我們想要選擇一款自己需求的熒光定量PCR儀時該關注些什么呢？
1.儀器的檢測通量
在購買定量PCR儀的時候要根據實驗室的需要來選擇不同通量的儀器。目前市面上的熒光定量PCR的檢測通量小到16個多到384個。如果進行一般的基因表達研究或病原體檢測，實在不必購買昂貴的儀器，96孔的通量足夠用；需要尋找要新藥靶點和疾病標記的實驗室可以考慮購買384孔板的儀器。假如經費有限，無法購買384孔板儀器的實驗室，可以考慮購買運行速度快（帶有FAST模塊）的96孔板熒光定量PCR儀。有了高通量的儀器，你會發現樣品的制備和小體系、多樣本的PCR體系構建成為限制實驗速度和結果的頸瓶。Roche公司推出的MagnaPure核算純化系統可配合Roche的Lightcycyler熒光定量PCR儀使用。Eppendorf 的ep Motion5070、5075全自動工作站，即可解決核酸純化問題，又可進行96孔板、384孔板的PCR反應體系構建，不用加樣加到眼發黑、手抽筋。
2.硬件設計特點
熒光定量PCR儀主要有傳統的96孔板式、創新的離心式等，每種設計都有它的獨到之處但也都有無法避免的缺憾。
傳統96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大，而且無需特殊的耗材。有些傳統的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發、CCD檢測，這些光學結構在96孔板的頂部，每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應，對結果產生影響。為了保證準確的實驗結果，這類儀器在實驗過程中通常會使用ROX（一種熒光染料）或Reference dye作為參照校正實驗結果。鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經成為很多用戶頭痛的問題。在實驗過程中鹵鎢燈作為一種熱光源，產生較多熱能對實驗結果有一定的影響。CCD最大的優點就是可以同時掃描所有樣品中的熒光信號，但是靈敏度較低，而且同時檢測樣品間的熒光信號存在干擾。像ABI、Bio-rad公司生產的熒光定量PCR就屬于這一種。但Bio-rad的IQ系列熒光定量PCR帶有梯度功能。
創新的離心式的儀器通常選用LED激發、PMT檢測，離心式的設計上避免了邊緣效應。LED光源是冷光源對實驗沒有影響，因此無需采用其他熒光染料校正儀器，而且使用壽命長無需經常更換。PMT每次只能收集單個熒光信號，但是檢測靈敏度高。但這類儀器運行速度非常快，但也存在樣本量小、耗材昂貴、沒有梯度功能、存在時間積分等缺點。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均為這一類儀器。
隨著熒光定量PCR技術的使用，聰明的儀器生產商紛紛在傳統的96孔板儀器上大作改進。首先是Stratagene的Mx3000p在檢測上突破了使用CCD改用PMT檢測熒光信號，大大提高了實驗的靈敏度，但激發光源仍然沿用傳統的鹵鎢燈并且沒有梯度功能。Eppendorf公司推出的Mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的熒光定量PCR儀，使用了96個LED為激發光源，采用第二代PMT及96合一光纖為檢測系統，不但避免了邊緣效應還保證所有樣品間的熒光信號沒有干擾。
3.運行速度
在熒光定量PCR儀的眾多技術參數中，升降溫速度也是廠家喜歡大力宣傳的指標。更快的升降溫，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結合、反應的時間，提高PCR的特異性。為了更好的完成實驗，各個廠家紛紛推出能快速運行的熒光定量PCR儀。例如ROCHE推出的Lightcycler2.0利用空氣動力學原理，可在半小時左右完成30-40個循環。ABI的7500可以選配FAST模塊擁有5°C/秒的升降溫速度，可在40分鐘左右完成30-40個循環。zui近eppendorf新推出的Mastercycler ep realplex4S 和2S的銀質模塊熒光定量PCR儀 ，升降溫的速度可達到6℃/秒和4.5/秒，是目前同類產品中升降溫速度zui快的熒光定量PCR 儀。一個在其他儀器上原本需要40—60分鐘的PCR反應，eppendorf Mastercycler ep realplex4S 和2S （銀質模塊）只需運行28分鐘——別小看這節約下來的幾十分鐘，一天下來就可以多運行好幾輪了。
4.靈活性
大規模繁忙的實驗室設備固然讓人羨慕，但是常規實驗室同樣可以有精彩的選擇。現在的儀器供應商擁有眾多技術專家，有的還能提供整個分子生物學的基礎研究平臺，不但了解、滿足您現在的需求，而且還考慮到了你可能變化的需求——升級和更換模塊。Bio-rad的Mycycler就可以選擇模塊升級為定量PCR儀。ABI的7900可以選擇將96孔槽變為384孔槽。像離心式的雙通道的Rotor-gene3000A 就可以根據您研究的需要升級成四通道的熒光定量PCR儀。Eppendorf公司在這方面考慮的就更加周全，如實驗室已經擁有Mastercycler ep可以按照您的要求升級為Mastercycler ep realplex熒光定量PCR儀，而且可升級的型號有4種：2通道銀質、鋁制模塊和4通道銀質、鋁制模塊。您可以根據自己的經費和實驗需要購買、升級任何一款Mastercycler ep realplex熒光定量PCR儀。
1.儀器的檢測通量
在購買定量PCR儀的時候要根據實驗室的需要來選擇不同通量的儀器。目前市面上的熒光定量PCR的檢測通量小到16個多到384個。如果進行一般的基因表達研究或病原體檢測，實在不必購買昂貴的儀器，96孔的通量足夠用；需要尋找要新藥靶點和疾病標記的實驗室可以考慮購買384孔板的儀器。假如經費有限，無法購買384孔板儀器的實驗室，可以考慮購買運行速度快（帶有FAST模塊）的96孔板熒光定量PCR儀。有了高通量的儀器，你會發現樣品的制備和小體系、多樣本的PCR體系構建成為限制實驗速度和結果的頸瓶。Roche公司推出的MagnaPure核算純化系統可配合Roche的Lightcycyler熒光定量PCR儀使用。Eppendorf 的ep Motion5070、5075全自動工作站，即可解決核酸純化問題，又可進行96孔板、384孔板的PCR反應體系構建，不用加樣加到眼發黑、手抽筋。
2.硬件設計特點
熒光定量PCR儀主要有傳統的96孔板式、創新的離心式等，每種設計都有它的獨到之處但也都有無法避免的缺憾。
傳統96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大，而且無需特殊的耗材。有些傳統的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發、CCD檢測，這些光學結構在96孔板的頂部，每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應，對結果產生影響。為了保證準確的實驗結果，這類儀器在實驗過程中通常會使用ROX（一種熒光染料）或Reference dye作為參照校正實驗結果。鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經成為很多用戶頭痛的問題。在實驗過程中鹵鎢燈作為一種熱光源，產生較多熱能對實驗結果有一定的影響。CCD最大的優點就是可以同時掃描所有樣品中的熒光信號，但是靈敏度較低，而且同時檢測樣品間的熒光信號存在干擾。像ABI、Bio-rad公司生產的熒光定量PCR就屬于這一種。但Bio-rad的IQ系列熒光定量PCR帶有梯度功能。
創新的離心式的儀器通常選用LED激發、PMT檢測，離心式的設計上避免了邊緣效應。LED光源是冷光源對實驗沒有影響，因此無需采用其他熒光染料校正儀器，而且使用壽命長無需經常更換。PMT每次只能收集單個熒光信號，但是檢測靈敏度高。但這類儀器運行速度非常快，但也存在樣本量小、耗材昂貴、沒有梯度功能、存在時間積分等缺點。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均為這一類儀器。
隨著熒光定量PCR技術的使用，聰明的儀器生產商紛紛在傳統的96孔板儀器上大作改進。首先是Stratagene的Mx3000p在檢測上突破了使用CCD改用PMT檢測熒光信號，大大提高了實驗的靈敏度，但激發光源仍然沿用傳統的鹵鎢燈并且沒有梯度功能。Eppendorf公司推出的Mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的熒光定量PCR儀，使用了96個LED為激發光源，采用第二代PMT及96合一光纖為檢測系統，不但避免了邊緣效應還保證所有樣品間的熒光信號沒有干擾。
3.運行速度
在熒光定量PCR儀的眾多技術參數中，升降溫速度也是廠家喜歡大力宣傳的指標。更快的升降溫，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結合、反應的時間，提高PCR的特異性。為了更好的完成實驗，各個廠家紛紛推出能快速運行的熒光定量PCR儀。例如ROCHE推出的Lightcycler2.0利用空氣動力學原理，可在半小時左右完成30-40個循環。ABI的7500可以選配FAST模塊擁有5°C/秒的升降溫速度，可在40分鐘左右完成30-40個循環。zui近eppendorf新推出的Mastercycler ep realplex4S 和2S的銀質模塊熒光定量PCR儀 ，升降溫的速度可達到6℃/秒和4.5/秒，是目前同類產品中升降溫速度zui快的熒光定量PCR 儀。一個在其他儀器上原本需要40—60分鐘的PCR反應，eppendorf Mastercycler ep realplex4S 和2S （銀質模塊）只需運行28分鐘——別小看這節約下來的幾十分鐘，一天下來就可以多運行好幾輪了。
4.靈活性
大規模繁忙的實驗室設備固然讓人羨慕，但是常規實驗室同樣可以有精彩的選擇。現在的儀器供應商擁有眾多技術專家，有的還能提供整個分子生物學的基礎研究平臺，不但了解、滿足您現在的需求，而且還考慮到了你可能變化的需求——升級和更換模塊。Bio-rad的Mycycler就可以選擇模塊升級為定量PCR儀。ABI的7900可以選擇將96孔槽變為384孔槽。像離心式的雙通道的Rotor-gene3000A 就可以根據您研究的需要升級成四通道的熒光定量PCR儀。Eppendorf公司在這方面考慮的就更加周全，如實驗室已經擁有Mastercycler ep可以按照您的要求升級為Mastercycler ep realplex熒光定量PCR儀，而且可升級的型號有4種：2通道銀質、鋁制模塊和4通道銀質、鋁制模塊。您可以根據自己的經費和實驗需要購買、升級任何一款Mastercycler ep realplex熒光定量PCR儀。
