3.內標（Internal Control，IC）

內標是指在同一反應管中與靶序列共同擴增的一段非靶序列分子。內標有兩種形式，一種是使用天然樣品中含有的內參基因作為內標，另一種是人工添加的內標。內標的最大特點是與靶序列共同擴增，而其他的對照都是獨立擴增。

3.1 內參基因

通常它們在各組織和細胞中的表達相對恒定，在檢測基因的表達水平變化時常用它來做參照物。內參基因通常是持家基因（house-keeping gene）因為其表達水平受環境因素影響較小，而且在個體各個生長階段的幾乎全部組織中持續表達變化很小。常用的內參基因包括GAPDH、β-actin(BETA-actin)、18sRNA、B2M、HPRT和TBP等。

內參基因的優點是與樣品中的靶基因經歷全相同的處理程序，可以監控采樣，運輸，核酸提取和擴增的全部過程。缺點是不同物種，不同生理狀態下，不同組織中的內參基因存在一定的差異。如果樣品類型是口腔液，咽拭子等樣品，內參基因的量很低可能導致實驗不成立。如果檢測的是環境樣品則內參基因可能全失效。

3.2人工內標

添加一種不會干擾靶序列擴增的人工合成的內標。現在國外的診斷試劑盒大部分都會將內標直接添加在反應液中與模板一起擴增，但是這樣的內標不能監控采樣，運輸和核酸提取的過程。

還有另一種形式的內標，使用人工合成的假病毒，在核酸提取前在每一份樣品中加入等量的內標，這樣就可以監控樣品的提取到擴增的過程。但是由于是人工添加到樣品中，仍然不能監控胞內細菌病毒的釋放情況。