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綠色食品認證作為一項認證機構自行設立的認證制度，對其監管的依據是其自身相關制度，如《綠色食品標志管理辦法》，重點主要是認證標志的使用。在對綠色食品認證的監管中應注意區分認證機構的認證行為和地方農業行政部門的行政行為。
1．對認證標志的監督
在綠色食品標志使用過程中，經常出現以下幾種常見違規現象，需要在監督檢查中加以重點關注：
偽造、冒用、轉讓和非法買賣認證標志的；
在超出認證機構認證證書允許產品品種以外的產品上使用認證標志的；
超出認證機構認證證書有效期使用認證標志的；
綠色食品標志沒有編號或號碼與實際產品不符的。
2．對企業的監督
對企業的現場監督檢查主要分為對認證活動的規范性檢查和獲證產品的符合性檢查。
（1）認證活動規范性檢查
查看檢查計劃，關注：現場檢查時間是否在申請認證的產品生產或加工過程的適當階段；檢查人員是否具有相應專業資質；
查看認證報告，關注：檢查組是否開具了不符合項，并對企業的糾正情況實施了跟蹤驗證；企業是否對開具的不符合項進行了糾正和采取糾正措施；
（2）獲證產品符合性檢查
查看產地檢測記錄，關注：是否對產地空氣、灌溉用水以及土壤等進行了檢測；是否按照標準規定對所有項目進行了檢驗；檢測結果是否符合標準要求；應特別注意未經抽樣檢測的企業是否符合免于抽樣條件。
查看產品檢測記錄，關注：是否按照標準規定對所有項目進行了檢驗；檢測結果是否符合標準要求；
看農藥使用記錄，關注是否使用了禁止使用的農藥以及允許使用的農藥是否按照標準所規定的次數進行使用；
查看肥料使用記錄，關注是否符合《肥料使用準則》。
（3）標志使用監督
主要是查看企業是否對標志的使用有專人管理和出入庫登記等。
3．對認證機構的監督
由于綠色食品認證機構為農業部綠色食品發展中心，其具體工作依托各省市綠色食品辦公室或專門機構進行，對綠色食品發展中心及其分支辦事機構進行現場監督檢查，應與農業部門加強溝通聯絡，著重于對認證活動的規范性的檢查，重點關注是否符合其自身制訂的各項認證程序和要求。
（三）監督檢查技巧
在監督檢查工作中，可以通過兩種方式獲得該產品的綠色食品認證信息：
1．登陸國家認監委“中國食品農產品認證信息系統”進行查詢；
2．登陸中國綠色食品網（www.greenfood.org.cn）上查詢相關信息。
