1、申請人向所在省綠色食品委托管理機構提交正式的書面申請，并填寫《綠色食品標志使用申請書》（一式兩份）、《企業生產情況調查表》。

2、各省綠色食品委托管理機構將依據企業的申請，委派至少兩名綠色食品標志專職管理人員赴申請企業進行實地考察。如考察合格，省綠色食品委托管理機構將委托定點的環境監測機構對申報產品或產品原料產地的大氣、土壤和水進行環境監測和評價。

3、省綠色食品委托管理機構的標志專職管理人員將結合考察情況及環境監測和評價的結果對申請材料進行初審，并將初審合格的材料上報中國綠色食品發展中心。 

4、中國綠色食品發展中心對上述申報材料進行審核，并將審核結果通知申報企業和省綠色食品委托管理機構。合格者，由省綠色食品委托管理機構對申報產品進行抽樣，并由定點的食品監測機構依據綠色食品標準進行檢測。不合格者，當年不再受理其申請。

5、中國綠色食品發展中心對檢測合格的產品進行終審。

6、終審合格的申請企業與中國綠色食品發展中心簽定綠色食品標志使用合同。不合格者，當年不再受理其申請。

7、中國綠色食品發展中心對上述合格的產品進行編號，并頒發綠色食品標志使用證書。 

8、申報企業對環境監測結果或產品檢測結果有異議，可向中國綠色食品發展中心提出仲裁檢測申請。中國綠色食品發展中心委托兩家或兩家以上的定點監測機構對其重新檢測，并依據有關規定做出裁決。