綠色食品標志的管理分為法律管理、行政管理、消費者監(jiān)督管理。

    綠色食品標志是一種質量證明商標，使用時必須醫(yī)守《中華人民共和國商標法》的規(guī)定，一切假冒、偽造或使用與該標志近似的標志，均屬違法行為，各級工商行政部門均有權依據(jù)有關法律和條例予以處罰。

    中國綠色食品發(fā)展中心是代表國家管理綠色食品事業(yè)發(fā)展的唯一權力機構，并依照[綠色食品標志管理辦法]對標志的申請、資格審查、標志頒發(fā)及使用等進行全面管理。各省（市）綠色食品辦公室是受中國綠色食品發(fā)展中心委托的管理部門，履行由中國綠色食品發(fā)展中心劃定的職責，在各地政府的領導和支持下，直接為綠色食品企業(yè)服務。中國綠色食品發(fā)展中心在全國范圍內設立的食品監(jiān)測網，及各地綠辦委托的環(huán)保機構形成的監(jiān)測網，對綠色良品生態(tài)環(huán)境及產品質量進行技術性監(jiān)督管理。

    綠色食品標志經中國綠色食品發(fā)展中心授權用戶使用后，如未經中心書面同意，不得再私發(fā)附屬證書或轉移標志的使用權于第三者。

    綠色食品標志只能用于按《綠色食品標志管理辦法》規(guī)定的程序，逐級審查，檢驗并經中心頒發(fā)使用證書的產品或產品有關事宜上，即使與已使用標志產品出自同一生態(tài)環(huán)境或同一生產過程用戶均不得自行認定其能夠使用綠標。

    在產品包裝上使用標志必須符合《綠色食品標志手冊》的規(guī)范要求。做到四位一體即文字、圖標、編號及經中國綠色食品發(fā)展中心許可使用綠色食品標志。在其它物體上使用標志需符合《綠色食品標志設計手冊》的規(guī)定。

    標志的使用期限為三年，基地標志使用期限為六年，到期前三個月需提前重新申報。在使用期內需向中心交納標志使用費。