食品農產品認證的作用和意義歸納起來主要是以下幾個方面：

（一）充分利用社會資源，實現認證全過程監管，切實保障食品安全。我國食品安全監管采用由不同政府部門分段管理的模式,而認證可以貫穿種植、養殖、加工、儲存、運輸、銷售等各個環節，且要求認證機構必須實施有效的認證后跟蹤監督，可以彌補食品安全行政監管資源的不足和可能存在的漏洞，有力保障食品安全。

（二）改善農村環境，促進生態文明建設，實現農業可持續發展。食品農產品認證制度提倡或強制要求不使用或少使用化肥、農藥、食品添加劑等投入物質，有利于減少面源污染，保護農村環境，轉變生產方式，實現農業可持續發展。

（三）調整農業結構，提高農民收入，促進農產品出口。經認證的產品在市場上銷售時可以獲得更多附加值，良好農業規范認證、有機產品認證、危害分析與關鍵控制點體系認證等與國際接軌的認證形式還可順利突破國際貿易技術壁壘，使產品更順利地進入國際市場。