1. 認證機構現場檢查。是指對認證機構的認證過程和認證結果有效性的監督檢查。檢查的依據是認證基本規范和認證實施規則，如可以對認證機構管理體系、認證程序、認證檔案進行檢查，還可采用見證監管的形式，即在認證機構對申請認證組織現場檢查/評審時，由監管人員見證其檢查評審過。對認證機構開展認證活動的監管要特別注意認證機構是否有超出認證機構批準資質范圍開展認證，對認證實施規則規定的產品種類外產品和企業開展認證，及增加、減少、遺漏認證實施規則規定的程序的情況。認證機構應滿足《食品農產品認證機構注冊人員數量及專業要求》（國認注[2010]11 號）的最新要求。

    2. 獲證企業現場檢查。檢查依據是認證基本規范和產品/體系標準。對企業的生產活動進行檢查，一是可以驗證企業和產品是否持續符合認證依據標準，二是可以驗證認證機構認證活動開展情況。對企業的檢查要在充分了解標準，掌握標準基本要點的基礎上進行。

    3. 對獲證產品進行檢查。 對獲證產品的檢查主要涉及產品認證標識的使用情況和產品是否符合標準規定的質量標準。認證標識監管主要針對有機產品、綠色食品、無公害農產品認證等產品認證和其他體系、服務認證的產品認證標志和認證宣傳用語使用符合法規情況進行檢查；產品檢測主要是對獲認證產品按產品檢測標準進行檢測，以驗證產品在安全、質量方面符合認證標準情況。對獲證產品進行檢查，既可在生產企業進行，也可在流通領域如商場超市進行。能否在流通領域就認證違法行為進行執法，各地有所不同，不管如何，流通領域獲證產品標識的使用是對認證活動的最終體現，從流通領域可以獲得認證產品是否符合標準要求的信息，為對認證活動監管進行監管提供線索。

    根據當前食品農產品認證發展現狀，要重點查處獲證組織、產品不能持續符合認證標準要求，買證、賣證，超期、超范圍使用認證證書、認證標志；認證機構未依法有效實施跟蹤調查、超范圍認證，增加、減少、遺漏認證基本規范、認證規則規定程序等違法、違規行為。