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不同的食品工廠由于產品種類不同, 故污染的霉菌種類也有所差異。共同的污染源可能來自于水、通風良否、操作人員與食品原料。

1 高濕度和水汽引起的霉菌污染

高濕度場所的霉菌污染，濕度高于85-90%的環境，霉菌會生長很快。食品加工過程中常產生大量水汽，易造成墻壁潮濕及冷凝水形成的情況。木質及混凝土結構的建材也會附著霉菌，故食品工廠內，宜少用木質的物體。

2 空氣流動傳播的霉菌污染

霉菌通過空氣流動傳播，生產車間空氣凈化效果不理想導致外界霉菌入侵。在建筑物的構造中, 應保持通風才不易產生霉菌。在一些通風不良的地方, 由于原料附著以及使用易吸濕的混凝土、木材及纖維等材質時, 一旦有霉菌生長時, 霉菌孢子會四散飛揚，其蔓延速度非常快速, 直接或間接的污染成品、輸送帶、機械與操作人員手指等處。當工廠旁為果園, 果實成熟開始腐爛長霉時, 空氣中的霉菌也特別多, 此時也易造成工廠內空氣的污染。在濕度高及通風不良的場所, 可看見枝孢霉、交鏈孢霉等霉菌生長。

3 水環境中的霉菌污染

一些水槽、水桶、水管、自來水的水龍頭、自來水管、地板與底板等處, 由于長期貯水, 所以污染情形特別常見。如，車間地面、明溝、氣帽有積水潮濕;冷凝水的管路、墻壁、天花板、空調口等;生產過程產生的液體廢棄物未及時清理出車間;離墻離地近的設備表面、潮濕墻面、冷風機容易產生冷凝水滋生霉菌。

這些水環境中的霉菌, 屬好濕性霉菌(孢子在Aw0. 9 以上萌發, 在Aw1 時為其最適生長Aw) , 在自然環境中孢子形成粘塊狀, 當接觸水的瞬間即四散飛去,孢子粘塊也會借空中浮游, 造成污染。

4 人員、物料不潔的霉菌污染

操作人員和物料也是霉菌的污染源。包材的污染，如瓦楞紙箱，包裝或罐裝食品的包裝袋、包裝瓶、瓶蓋等;生產過程防護不當造成的霉菌污染;進入車間的人員手部消毒不徹底、不潔凈衣物;物料不潔凈帶入霉菌。

5 食品原料的霉菌污染

食品原料中一些殼粉原料、畜肉、糖質原料、蔬菜與水果等所含的霉菌, 在工廠內的加工過程中四處飛散, 往往造成工廠內的霉菌污染。在肉品加工廠內的瓷磚上污染的霉菌, 主要為PhomaAureobasidium(為空氣中的霉菌) 。在面包制造廠的攪拌機的外壁上, 可發現黑色斑點狀的霉菌, 此類霉菌為殼粉原料中的主要霉菌———曲霉。

防治措施：

1 溫濕度控制

控制車間的溫度和濕度，溫度在24度以下，濕度在55%以下，因為過高的溫濕度會促進霉菌的生長。必要時應裝設有效的換氣設施,班中每2小時用風機及時將含有大量水分的空氣排出車間， 以防止室內溫度過高、蒸汽凝結或異味等發生。

2 化學處理

酒精噴霧消毒是制造食品時防止霉菌與細菌污染常用的方法, 每天班前、班后對車間內部墻壁、風機、下水道、案面、手部、圍裙套袖、墻壁、下水道實施75%的酒精或消毒劑噴灑，殺滅霉菌。對于制造環境的天花板、壁面與地板等, 為防止霉菌污染, 應采用防腐蝕、抗霉菌與防止結露的施工及材料。

3 紫外線照射或臭氧處理

人員的工作服、更衣室等，必須保持衛生清潔，定期清洗和進行紫外線或臭氧殺菌30分鐘以上，防止人為造成霉菌的交叉污染(不可在有人情況下殺菌)。紫外線對霉菌孢子的殺菌效果有限時，可適當配合酒精噴霧等方法進行處理。

4 潔凈室

人員的工作服、更衣室等，必須保持衛生清潔，定期清洗和進行紫外線或臭氧殺菌30分鐘以上，防止人為造成霉菌的交叉污染(不可在有人情況下殺菌)。紫外線對霉菌孢子的殺菌效果有限時，可適當配合酒精噴霧等方法進行處理。

5 車間衛生控制

首先要保持生產車間的內部工具的清潔和衛生，注意對一些衛生死角進行嚴格的衛生清理和保持(每半月實施一次深度清潔)。即管理者與操作人員應具有衛生觀念, 隨時注意操作的衛生與減少 污染的可能性 , 必須從加強員工衛生教育著手 。