HACCP遵循“PDCA”的管理原則。與ISO9000質量管理體系類似。它也采用“過程”方法進行管理；提倡管理者的領導核心作用和全員參與；強調監視測量；并要求對質量記錄、文件和數據進行控制管理等。

    但是，HACCP對食品企業的管理目標，特別是衛生安全目標的要求更明確，管理內容也更具體。它強調食品企業嚴格遵守食品和衛生法律法規，建立以HACCP計劃，良好操作規范(GMP)和衛生標準操作規程(SSOP)為核心的三級食品安全管理體系。因此，HACCP在對食品安全危害和質量的控制上更具體、在管理技術措施上更富有針對性和有效性。

    目前，大多數的食品企業采取HACCP與ISO9000兩套系統獨立運行，部分程序共用的運作模式。企業可以根據需要同時或分別申請HACCP認證。