HACCP體系的建立，需要科學依據。國際食品與法典委員會（簡稱CAC）在《HACCP體系及其應用準則》明確規定“HACCP體系以科學性和系統性為基礎，識別特定危害，制定控制措施，確保食品的安全性，HACCP應獨立地應用于各個特定食品的生產中”，同時，準則要求對產品進行描述，每個工序進行分析。但現在的食品企業在建立HACCP體系時，特別是對關鍵控制點的確定，過于隨意或依靠經驗，無評價或評估數據來支持。特別是水產加工企業，第一根據美國的水產《危害分析指南》，第二憑照個人主觀認識。再有，產品名稱不具體（特別水產品名稱，不懂學名），沒有對每一個產品逐一進行危害分析，HACCP計劃的名稱籠統不清晰的典型例子還有：飲料的HACCP計劃、調味品的HACCP計劃、含肉點心的HACCP計劃等等。

　　企業的HACCP體系的建立，抄襲現象嚴重。由于HACCP體系應用在中國快速發展，社會已形成以認證、咨詢機構或出版社為主的“HACCP產業”。發行大量HACCP體系建立指導書，同時也涌出連食品概念都說不清楚的審核員和所謂的咨詢專家，通過指導書提供的范例或培訓教學的案例把他套在企業中去。筆者曾經在檢查一個省的三家烤鰻生產企業，發現生產工藝不同（有的是經蒸煮工序后再進入燒烤階段，有的是無經蒸煮直接進入燒烤）的三家企業在對致病性微生物的控制設定的指標是一樣的，問為什么這樣設置？有沒試驗數據？回答，沒有，大家都是這樣設置的。所以說，在中國，食品企業HACCP體系的建立抄襲現象嚴重，很多知其然而不知其所以然。

　　管理人員缺乏對HACCP體系的系統培訓。筆者在檢查食品加工時發現，很多企業獲得了HACCP認證后，員工在實際工作中按HACCP體系要求貫徹執行主動性不強。其原因是企業在推行HACCP體系時，個別企業為了節約成本，減少了教育培訓的費用，管理人員和普通員工HACCP知識培訓不到位，不能很好地理解和執行HACCP體系的要求。再有，企業領導忙于接洽業務、銷售產品，忽略了產品生產過程的HACCP體系管理，即使有時發現問題，也只能頭痛醫頭，腳痛醫腳。