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傳統(tǒng)的食品安全控制流程一般建立在“集中”視察、最終產(chǎn)品的測試等方面，通過“望、聞、切”的方法去尋找潛在的危害，而不是采取預防的方式，因此存在一定的局限性，舉例來說，在規(guī)定的時間內(nèi)完成食品加工工作、靠直覺去預測潛在的食品安全問題、在最終產(chǎn)品的檢驗方面代價高昂，為獲得有意義的、有代表性的信息，在搜集和分析足夠的樣品方面存在較大難度。
而在HACCP管理體系原則指導下，食品安全被融入到設計的過程中，而不是傳統(tǒng)意義上的最終產(chǎn)品檢測。因而，HACCP體系能提供一種能起到預防作用的體系，并且更能經(jīng)濟地保障食品的安全。部分國家的HACCP實踐表明實施HACCP體系能更有效地預防食品污染。例如，美國食品藥品管理局的統(tǒng)計數(shù)據(jù)表明，在水產(chǎn)加工企業(yè)中，實施HACCP體系的企業(yè)比沒實施的企業(yè)食品污染的概率降低了20%到60%。 
