在HACCP的七個基本原理中，原理一就是"危害分析和預防措施"，要想做好危害分析，食品加工者必須獲得潛在危害的有關知識，弄清楚危害的概念。在HACCP中，"危害"指的是食物中可能引起疾病或傷害的情況或污染。這些危害主要分為三大類即：生物的危害、化學的危害和物理的危害。而在食品中發現的令人厭惡的昆蟲、毛發、臟物或腐敗等，因為它們經常不是直接的與產品的安全有關，除非這些條件直接影響到食品的安全，否則，它們不在HACCP計劃的控制范圍之內。但這不等于說這種現象是可以容忍的，它們將由良好操作規范（GMP）和衛生標準操作程序（SSOP）來控制，也就是說HACCP不是一個孤立的系統，而是建立在GMP和SSOP基礎之上的。它們的關系在以后的文章中還會具體談到。

    在影響食品安全的三大類危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的細菌、病毒和寄生蟲。食品中的生物危害既有可能來自于原料，也有可能來自于食品的加工過程。微生物種類繁多分布廣泛，被劃分成各種類型。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細菌、病毒和原生動物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌產生有害的毒素，毒素屬化學危害），只有細菌、病毒和原生動物能引起食品的生物危害，使食品不安全。

    在生物危害中，有害細菌引起的食品危害又占到90%。細菌危害是指某些有害細菌在食品中存活時，可以通過活菌的攝入引起人體（通常是腸道）感染或預先在食品中產生的細菌毒素導致人類中毒。前者稱為食品感染，后者稱為食品中毒。這些致病菌根據其有無芽胞可分為芽胞菌和非芽胞菌，芽胞菌有肉毒梭菌、產氣莢膜梭菌和蠟樣芽梭菌；非芽胞菌有流產布氏桿菌、豬布氏桿菌、空腸彎曲桿菌、致病性大腸桿菌如O157：H7大腸桿菌、李斯特菌、沙門氏菌屬、賀氏桿菌、致病性金黃色葡萄球菌、膿性鏈球菌和弧菌等。由于細菌是活的生命體，需要營養、水、溫度以及空氣條件（需氧、厭氧或兼性），因此通過控制這些因素，就能有效地抑制、殺滅致病菌，從而把細菌危害預防、消除或減少到可接受水平，例如，控制溫度和時間是常用且可行的預防措施，低溫可抑制微生物生長，加熱可以殺滅微生物。病毒象其它微生物一樣到處存在。它們非常小，自身不能再生，病毒只有進入一個合適的寄主內時，才能利用寄主細胞內的材料進行復制生長。與食品安全有關的病毒主要有肝炎A型病毒和諾活克病毒。病毒傳遞到食品通常與不良的衛生狀況有關，通過充分加熱產品和防止加熱后的交叉污染可以預防。

    寄生蟲也是需要有合適的寄主才能存活的生物。世界上有幾千種寄生蟲，只有約20%的寄生蟲能在食物或水中發現，通過食品感染人類的大約有100種，它們主要是線蟲、絳蟲、吸蟲和原生動物等。原生動物是單細胞動物，食品中寄生的原生動物有痢疾阿米巴、腸伯氏鞭毛蟲等，它們對人體都能造成危害。通過徹底加熱食品可以殺死所有食品所帶的寄生蟲。化學危害也有三類。一類是天然的化學物質，如霉菌毒素、組胺、魚肉毒素和貝類毒素等，它們主要存在于植物、動物和微生物中。二是有意添加的化學藥品--食品添加劑，如防腐劑、營養添加劑和色素添加劑等。這些化學物質并不總是代表危害，只有它們的用量超過了規定的使用量時，才會對消費者造成潛在的危害。第三類化學危害是無意地或偶然加入的化合物。如農用殺蟲劑、除草劑、抗菌素和生長激素等的殘留、有毒元素超標、消毒劑和清潔劑等污染食品都有可能造成化學危害，這種危害最難控制，也是我國目前遭受貿易壁壘最多的一種危害。化學污染可以發生在食品生產和加工的任何階段。要消除這種危害，必須從種養殖的源頭抓起，否則，危害一但進入食品，就很難再將其消除。

    物理的危害包括任何在食品中發現的不正常的潛在的有害的外來物，如玻璃、金屬等。這類危害是最常見的消費者投訴的問題，因為傷害立即發生或吃后不久發生，并且傷害的來源是容易確認的。 

    對影響食品安全的任何危害，在HACCP計劃中都要采取相應措施，將其消除或降低到可接受水平。由于危害的種類很多，且危害的種類是隨時隨地不斷發展變化的，食品加工者應通過各種媒體，獲得食品潛在危害的有關知識，以確保食品安全。