無公害農產品認證是我國農產品認證主要形式之一，目前雖然是自愿性認證，但與其他的自愿性產品認證相比有本質的區別。
　　
（一）政府推行的公益性認證。無公害農產品是政府推出的一種安全公共品牌，目的是保障基本安全，滿足大眾消費。無公害農產品執行的標準是強制性無公害農產品行業標準，產品主要是老百姓日常生活離不開的“菜籃子”和“米袋子”產品，如蔬菜、水果、茶葉、豬牛羊肉、禽類、乳品禽蛋和大米、小麥、玉米、大豆等大宗初級農產品。因此，無公害農產品認證實質上是為保障食用農產品生產和消費安全而實施的政府質量安全擔保制度，屬于公益性事業，實行政府推動的發展機制，認證不收費。
　　
（二）產地認定與產品認證相結合。無公害農產品認證采取產地認定與產品認證相結合的模式。產地認定主要解決生產環節的質量安全控制問題；產品認證主要解決產品安全和市場準入問題。無公害農產品認證的過程是一個自上而下的農產品質量安全監督管理行為，產地認定是對農業生產過程的檢查監督行為，產品認證是對管理成效的確認，包括監督產地環境、投入品使用、生產過程的檢查及產品的準入檢測等方面。
　　
（三）推行全程質量控制。無公害農產品認證運用全過程質量安全管理的指導思想，強調以生產過程控制為重點，以產品管理為主線，以市場準入為切入點，以保證最終產品消費安全。推行“標準化生產、投入品監管、關鍵點控制、安全性保障”的技術制度，從產地環境、生產過程和產品質量三個重點環節控制危害因素。