縣級工作機構自收到申請之日起10個工作日內，負責完成對申請人申請材料的形式審查。符合要求的，報送地市級工作機構審查。

　　地市級工作機構自收到申請材料、縣級工作機構推薦意見之日起15個工作日內（直轄市和計劃單列市的地級工作合并到縣級一并完成），對全套材料（申請材料和工作機構意見，下同）進行符合性審查。符合要求的，報送省級工作機構。

　　省級工作機構自收到申請材料及推薦、審查意見之日起20個工作日內，完成材料的初審工作，并組織或者委托地縣兩級有資質的檢查員進行現場檢查。通過初審的，報請省級農業行政主管部門頒發《無公害農產品產地認定證書》，同時將全套材料報送農業部農產品質量安全中心各專業分中心復審。

　　各專業分中心自收到申請材料及推薦、審查、初審意見之日起20個工作日內，完成認證申請的復審工作，必要時可實施現場核查。通過復審的，將全套材料報送農業部農產品質量安全中心審核處。       

　　農業部農產品質量安全中心自收到申請材料及推薦、審查、初審、復審意見之日起20個工作日內，對全套材料進行形式審查，提出形式審查意見并組織無公害農產品認證專家進行終審。終審通過符合頒證條件的，由農業部農產品質量安全中心頒發《無公害農產品證書》。