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為進一步完善有機產品認證制度，規范有機產品認證活動，保證認證活動的一致性和有效性，國家認監委根據《產品質量法》、《認證認可條例》等法律、法規規定，對2005年6月發布的《有機產品認證實施規則》（以下簡稱新版實施規則）進行了修訂，同時制定了《有機產品認證目錄》（以下簡稱認證目錄）。新版實施規則、認證目錄自2012年3月1日起 實施，“國家有機產品認證標志備案管理系統”也同步開通啟用。新的有機產品認證制度較以往有以下突出特點：
一是“嚴”字當頭，生產、認證更加嚴格。一是生產、加工和標識、銷售標準更加嚴格。如同一生產單元內一年生植物不能進行平行生產，生產和加工過程中允許使用的投入物質增加了使用限定條件，使用標準附錄之外的投入物質需由國家認監委組織專家進行評估，轉換期內允許使用認證標志要求更為嚴格，有機產品中不能檢出任何禁用物質殘留，銷售產品需使用銷售證并建立“一品一碼”追溯體系，銷售場所不能進行二次分裝、加貼標識等。二是認證程序更加嚴格規范。如要求對產地環境必須進行監測（檢測），現場檢查需覆蓋所有生產活動范圍，規定對產品所有生產季（茬）均需現場檢查，對所有認證產品都要進行產品檢測，認證活動需提前報告監督部門，認證證書由國家認監委信息系統統一賦號，同時增加了證書撤銷、暫停、注銷的條件等。三是建立了不良企業退出機制。對因不誠信、違規使用有機生產禁用物質、超范圍使有國家有機產品認證標志等問題而被撤銷認證證書的企業，任何認證機構在1-5年內不得再次受理其有機產品認證申請。同時，對于有機產品認證證書不能在規定時限內延續的，獲證企業再次申請有機產品認證時，必須重新進行有機生產轉換。
二是可操作性增強，統一認證尺度。認證程序要求更加細化，《有機產品認證實施規則》從原來的七章3500字，增加到10章9000字，增加了“再認證”、“證書撤銷、暫停和注銷”及“銷售證”、“投入特評估”等內容，可操作性大大增強。對原先由認證機構自由裁量的內容進行統一要求，如統一認證產品目錄，統一轉換期判定、現場檢查范圍和頻次、產品和環境檢測要求，細化證書撤銷、暫停、注銷條件，明確證書暫停時間，規定撤銷和注銷的證書不得以任何理由恢復等。
三是建立了有機產品追溯體系。嚴格規范產量衡算、收獲、加工、包裝、銷售等環節的認證檢查過程，要求在獲證產品或者產品的最小銷售包裝上，加施中國有機產品認證標志（或有機轉換產品認證標志）及其唯一編號、認證機構名稱或者其標識,配合使用銷售證，充分利用現代化信息技術手段，確保發放的每枚有機產品認證標志能夠從市場溯源到所對應的每張有機產品認證證書、獲證產品和生產企業，做到信息可追溯、標識可防偽、數量可控制。自2012年3月1日起 ，有機產品生產企業應按照相關規定要求，在銷售的有機產品或者產品的最小銷售包裝上，加施國家有機產品認證標志（含有機轉換產品認證標志）及其唯一編號（有機碼）、認證機構名稱或者其標識。2012年3月1日前 已從認證機構領取國家有機產品認證標志或已印制帶有國家有機產品認證標志的產品包裝的，應在2012年7月1日前 使用完畢。屆時消費者還可通過國家認監委“中國食品農產品認證信息系統”（food.cnca.cn）中進行查詢、驗證。
四是按照風險評估的原則，將不適宜開展有機產品認證的產品排除在《有機產品認證目錄》之外，不得再開展有機產品認證。目前，目錄包括了蔬菜、牛奶、肉類等37大類127種產品。同時，國家認監委將基于風險分析原則，對《有機產品認證目錄》進行動態調整。
五是引入風險分析和風險管理概念。把風險評估和風險管理作為開展有機產品認證活動和監督管理、加強科學性和權威性的重要手段，在《有機產品認證實施規則》等文件中多處提及風險評估。認證機構在現場檢查、產品抽樣檢測、證后監督中應依據產品生產、加工工藝和方法、企業管理體系穩定性、當地誠信水平等判定有機生產、加工風險并采取相應措施。監督管理部門建立風險監測和預警制度，依據風險評估對有機產品認證活動實施監管，并根據風險等級對相關產品、地域進行風險預警。
一是“嚴”字當頭，生產、認證更加嚴格。一是生產、加工和標識、銷售標準更加嚴格。如同一生產單元內一年生植物不能進行平行生產，生產和加工過程中允許使用的投入物質增加了使用限定條件，使用標準附錄之外的投入物質需由國家認監委組織專家進行評估，轉換期內允許使用認證標志要求更為嚴格，有機產品中不能檢出任何禁用物質殘留，銷售產品需使用銷售證并建立“一品一碼”追溯體系，銷售場所不能進行二次分裝、加貼標識等。二是認證程序更加嚴格規范。如要求對產地環境必須進行監測（檢測），現場檢查需覆蓋所有生產活動范圍，規定對產品所有生產季（茬）均需現場檢查，對所有認證產品都要進行產品檢測，認證活動需提前報告監督部門，認證證書由國家認監委信息系統統一賦號，同時增加了證書撤銷、暫停、注銷的條件等。三是建立了不良企業退出機制。對因不誠信、違規使用有機生產禁用物質、超范圍使有國家有機產品認證標志等問題而被撤銷認證證書的企業，任何認證機構在1-5年內不得再次受理其有機產品認證申請。同時，對于有機產品認證證書不能在規定時限內延續的，獲證企業再次申請有機產品認證時，必須重新進行有機生產轉換。
二是可操作性增強，統一認證尺度。認證程序要求更加細化，《有機產品認證實施規則》從原來的七章3500字，增加到10章9000字，增加了“再認證”、“證書撤銷、暫停和注銷”及“銷售證”、“投入特評估”等內容，可操作性大大增強。對原先由認證機構自由裁量的內容進行統一要求，如統一認證產品目錄，統一轉換期判定、現場檢查范圍和頻次、產品和環境檢測要求，細化證書撤銷、暫停、注銷條件，明確證書暫停時間，規定撤銷和注銷的證書不得以任何理由恢復等。
三是建立了有機產品追溯體系。嚴格規范產量衡算、收獲、加工、包裝、銷售等環節的認證檢查過程，要求在獲證產品或者產品的最小銷售包裝上，加施中國有機產品認證標志（或有機轉換產品認證標志）及其唯一編號、認證機構名稱或者其標識,配合使用銷售證，充分利用現代化信息技術手段，確保發放的每枚有機產品認證標志能夠從市場溯源到所對應的每張有機產品認證證書、獲證產品和生產企業，做到信息可追溯、標識可防偽、數量可控制。自
四是按照風險評估的原則，將不適宜開展有機產品認證的產品排除在《有機產品認證目錄》之外，不得再開展有機產品認證。目前，目錄包括了蔬菜、牛奶、肉類等37大類127種產品。同時，國家認監委將基于風險分析原則，對《有機產品認證目錄》進行動態調整。
五是引入風險分析和風險管理概念。把風險評估和風險管理作為開展有機產品認證活動和監督管理、加強科學性和權威性的重要手段，在《有機產品認證實施規則》等文件中多處提及風險評估。認證機構在現場檢查、產品抽樣檢測、證后監督中應依據產品生產、加工工藝和方法、企業管理體系穩定性、當地誠信水平等判定有機生產、加工風險并采取相應措施。監督管理部門建立風險監測和預警制度，依據風險評估對有機產品認證活動實施監管，并根據風險等級對相關產品、地域進行風險預警。
