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對認證機構的現場監督，主要著重于認證機構是否按照規范要求開展認證活動。應重點關注以下幾個方面：
1.認證機構是否按《條例》要求獲得了國家認監委的批準。查看認證機構的批準證書（或復印件），也可通過認監委的網站進行核對。
2．認證機構是否按《有機產品認證管理辦法》的要求獲得國家授權機構（CNAS）的認可。查看認證機構的認可證書（或復印件），也可通過國家認可委（CNAS）的網站數據庫進行核對。
3．認證機構的檢查員數量是否能滿足《食品農產品認證機構認證人員注冊數量及專業要求》規定的數量和專業的要求。通過認證機構檢查員名單、檢查員檔案，包括學歷、工作經歷、檢查員注冊證書進行核實。
4．是否存在超范圍開展認證情況。
超范圍認證包含以下兩種情況：
①由國家認監委批準的境內認證機構，其超出認監委批準書的范圍及認可范圍發證的情況。
針對此種情況，檢查時可隨機抽取2-6 份認證證書，與認證機構的批準證書和認可證書上標明的認證范圍進行核對。
②由國家認監委批準在我國境內開展認證活動的境外認證機構，其超出認監委批準的業務范圍在我國境內開展認證活動并發證的情況。
針對此種情況，檢查前可從認證機構的網站上收集其開展認證活動的信息，包括認證申請信息，獲證企業信息等。檢查時要求認證機構提供一份完整的獲證企業名錄，查找是否存在超批準范圍發證的證據。
5．認證機構檢測資源是否符合要求。
主要是看檢測資源是否在國家認監委公布的可以從事有機產品認證檢測的機構目錄中；檢測機構是否具備計量認證或實驗室認可資格；如檢測機構是分包的，還要查看是否有分包協議。
6．認證機構是否向申請認證的企業公布了相關信息。
隨機抽取2-6 份認證合同，查看是否公布了認證程序、認證要求、認證依據標準、收費標準、認證機構和申請人的權利義務、批準暫停和撤銷認證的規定和程序等相關內容。
