1. 申請
1) 申請人提出正式申請，向COFCC分中心領取《有機食品認證申請表》（一式二份）、《有機食品認證調查表》（一式二份）和《有機食品認證書面資料清單》、《有機食品生產技術準則》等文件。
2) 申請人填寫《有機食品認證申請表》、《有機食品認證調查表》并準備《有機食品認證書面資料清單》中要求提供的文件。
3)申請人按《有機食品生產技術準則》的要求，建立本企業的質量管理體系、生產操作規程和質量信息追蹤體系。

2. 預審、審查并制定初步的檢查計劃
1) 分中心對申請人材料進行預審。預審合格，申請人將有關材料拷貝給COFCC。
2）COFCC根據申請人提供的項目情況，估算檢查時間（一般需要2次檢查：生產過程一次、 加工一次）。
3) COFCC根據檢查時間和認證收費管理細則，制定初步檢查計劃、估算認證費用。
4) COFCC綜合審查并做出“何時”進行檢查的決定。
5) COFCC向申請者寄發《受理通知書》、《有機食品認證檢查合同》(簡稱《檢查合同》)，同時通知分中心。
6) 當審查不合格，COFCC通知申請人且當年不再受理其申請。

3. 簽訂有機食品認證檢查合同
1) 申請人確認《受理通知書》后，與COFCC簽訂《檢查合同》。
2) 根據《檢查合同》的要求，申請人繳納相關費用的50%，以保證認證前期工作的正常開展。
3) 申請人指定內部檢查員（生產、加工各1人）配合認證工作，并進一步準備相關材料。

4. 實地檢查評估
1) 全部材料審查合格以后，COFCC確定有資質的檢查員進行實地檢查。檢查員從COFCC或其分中心處取得申請人相關資料，依據《有機食品生產技術準則》的要求，對申請人的質量管理體系、生產過程控制體系、追蹤體系以及產地、生產、加工、倉儲、運輸、貿易等進行實地檢查評估。
2) 必要時，檢查員可對水、土、氣及產品抽樣，由檢查員和申請人共同封樣送指定的質檢機構檢測。

5. 編寫檢查報告
1) 檢查員完成檢查后，按COFCC要求編寫檢查報告。
2) 檢查員在檢查完成后兩周內將檢查報告送達COFCC。

6. 綜合審查評估意見
1）COFCC根據申請人提供的申請表、調查表等相關材料以及檢查員的檢查報告和相關檢驗報告等進行綜合審查評估，填寫頒證評估表，提出評估意見。
2）COFCC將評估意見報頒證委員會審議。

7. 頒證決議
頒證委員會定期召開頒證委員會工作會議，對申請人的基本情況調查表、檢查員的檢查報告和認證中心的評估意見等材料進行全面審查，做出同意頒證、有條件頒證、有機轉換頒證或拒絕頒證的決定。證書有效期為一年。
1) 同意頒證。申請內容完全符合有機食品標準，頒發有機食品證書。
2) 有條件頒證。申請內容基本符合有機食品標準，但某些方面尚需改進，在申請人書面承諾按要求進行改進以后，亦可頒發有機食品證書。
3) 有機轉換頒證。申請人的基地進入轉換期一年以上，并繼續實施有機轉換計劃，頒發有機食品轉換證書。產品按“轉換期有機食品”銷售。
4) 拒絕頒證。申請內容達不到有機食品標準要求，頒證委員會拒絕頒證，并說明理由。

8. 頒證
根據頒證決議和《有機食品標志使用管理規則》的要求，簽訂《有機食品標志使用許可合同》，并辦理有機食品標志的使用手續，頒發有機食品證書。